Mănăstirea poartă hramul Sfântul Ierarh Nicolae și a fost construită între anii 1571-1572 de Badea Bolosin Stolnicul, sub domnia lui Io Alexandru Voievod. Biserica, transformată în nenumarate rânduri, este tot ce a mai rămas din vechea Mânăstire Cobia. După anul 1680, biserica a fost reparată de Pârvu Cantacuzino.
Între anii 1723-1724 s-au prăbușit colții bisericii, iar în 1752 a fost închinată fundației filotime de la Pantilimon.
Eforia spitalelor se ocupă în veacul al XIX-lea de biserica devenită parohială, făcând reparații după cutremurele din 1802, 1830, 1838. În anul 1843, sub îngrijirea eforiei, se reface acoperișul bisericii, precum și casele egumenești construite pe beciurile boltite, vechi, ce se aflau la sud-vest de biserică.
Cutremurul din 1883 surpă turla mare a naosului, antrenând și o parte din zidurile altarului. Eforia Spitalelor intervine și repară turla din lemn mai groasă decât cea originală (lipsită de profilatura celei vechi), repară zidurile și construiește catapeteasma din zid așa cum o vedem și astăzi. În deceniul III al secolului al XX-lea, sub conducerea arhitectului Horia Teodoru, se face o nouă restaurare. O altă restaurare se face de Comisia Monumentelor Istorice în 1938.
Având aspectul unui chivot urias de email, biserica mânăstirii Cobia este comparabilă aici, în Tara Românească, cu policromia monumentelor decorate cu picturi murale din Moldova.
Mânăstirea este încadrată într-un ansamblu din care nu se mai păstrează decât biserica mânăstirii, turnul clopotnita și ruinele casei egumenești. Vechile uși, capodoperă a sculpturii decorative de epocă,se păstrează în Muzeul Național de Istorie Bucuresti.
În cadrul mânăstirii se desfășoara  Festivalului Internațional de Toacă devenit  din ce în ce mai cunoscut și mai atractiv pentru copii și tineri.